Mushaf Madinah dan Mushaf Indonesia sama-sama ditulis dengan Rasm Utsmani, tapi ada beberapa perbedaan seperti waqaf dan tanda bacanya.

Beberapa perbedaanya lainya yaitu:

Penulisan lafadz Allah memiliki perbedaan dalam harakatnya. Pada Mushaf Madinah tidak memiliki tanda panjang. Sedangkan pada Mushaf Indonesia sudah diberi tanda panjang sebagai bentuk mad. Walaupun dalam Mushaf Madinah tidak dituliskan tanda bacanya, namun cara membacanya tetaplah panjang.

Mushaf Indonesia menggunakan tanda tasydid untuk setiap bacaan idgham bi ghunnah yang totalnya ada 4, yaitu ya, wawu, nun, dan mim. Sedangkan dalam Mushaf Madinah hanya terdiri dari huruf mim dan nun.

Tanda nun ikhfa dalam Mushaf Indonesia di beri tanda sukun, sedangkan dalam Mushaf Madinah tidak diberi tanda apapun.

Huruf mad tabi’i alif, wawu, dan ya dalam Mushaf Indonesia diberi tanda sukun. Sementara pada Mushaf Madinah tidak diberi tanda sama sekali.